Le origini di Agira sono antichissime e dallo studio di alcuni reperti preistorici si è potuto documentare che inizialmente la città fu popolata, circa 30.000 anni fa, quando l'isola era ancora unita alla penisola italica. Nomadi di origine afro-asiatica, già evoluti nella lavorazione di armi di selce, cacciatori, agricoltori, pescatori e forse anche allevatori, si arroccarono sul Monte Teja, perdendo gradualmente le loro originarie caratteristiche per trasformarsi in popolazioni stanziali.
Nell'Area di Agira esistono tracce di abitati umani del Paleolitico, Neolitico ed Età del Bronzo.
I popoli più antichi della Sicilia sarebbero stati, secondo quanto scrive Tucidide, ispirandosi ai miti del tempo, i Ciclopi (o Giganti) e i Lestrigoni (o Lotofagi), che avrebbero abitato anche il Monte Cuccio di Palermo.